大澳漁村的歷史大概可以追溯至明朝晚期。初期，蜑家漁民居住於漁船或棚屋之中，後來原籍福建的鶴佬亦遷移至此。1521年，明朝海軍於附近海域抵禦由葡萄牙阿爾瓦雷斯(Simão de Andrade) 率領的海軍，史稱「屯門海戰」，當時大澳漁村曾被葡萄牙海軍所佔據。時至今日，大澳居民將當時的據點稱為「番鬼塘」（「番鬼」為粵語，意指西洋或西洋人），一直留存至今。
到了明末清初，因朝廷政策迫使沿海居民遷往內陸，大量移民從北方湧入大澳，令大澳漁村發展得更具規模。
直至19世紀，客家移民開始於大澳聚居，並在村落的東部和南部開始農業耕種。部份居民則以飼養豬隻及養蜂為生，同時兼營養魚場。豐饒的大澳土產不僅滿足了本地需求，更同時出口至香港市區。因此，大澳逐漸成為了大嶼山南部和西部村落的主要市鎮。
傳統上，蜑家人一直處於傳統中國社會的低下層，飽受不同形式的歧視，例如不得在岸上居住等。在大澳，蜑家漁民同樣與陸上居民分開生活，分別在不同廟宇進行祭祀，這樣的情況亦延續至20世紀。
正正因為這種生活模式，令蜑家人沿河興建與別不同的棚屋，造就了今日大澳最引以為傲的獨特象徵。
經濟活動方面，大澳漁村的鹽業發展由18世紀中葉至晚期日趨成熟，沿坑尾溪一帶亦設立了不少鹽田。大部份產鹽從大澳私運至澳門、香港以及珠三角地區。後來，殖民地政府積極鼓勵大澳的鹽業發展，並引進日曬技術以增加鹽產量。然而，大澳的製鹽業在1950至1960年代日漸式微，很多鹽田轉變為養魚塘、農田或用於興建房屋，甚至被棄置。
在第二次世界大戰期間，香港被日本佔領，許多基本物資變得十分稀缺。縱使很多大澳商店被迫關門停業，但漁民仍然可以出海捕魚維持生計。因此，當時的大澳居民沒有像香港其他地區一樣面臨嚴重的糧食短缺，走私活動亦應運而生，來自中國大陸的大米和蔬菜紛紛經由大澳運至香港，而大澳生產的鹽則運至北方出售。根據年長的大澳居民憶述，在戰爭期間大澳的傳統廟會及粵劇表演依舊進行，證明第二次世界大戰期間大澳居民基本上維持了正常的生活。
食品加工生產在大澳漁村已有悠久的歷史，鹹魚、蝦醬、醬油和蠔油至今亦成為了當地特產。不過，由於大澳漁村的位置偏遠，阻礙了業務的拓展，隨著香港其他地區蓬勃的發展，大澳的產業亦漸漸失去競爭力，最終相繼於市場上消失。
1970年代，大澳人口開始下降，大量居民均移居到市區工作，其中主要的原因為香港周邊水域的漁量驟減，導致漁業的衰退。對於大澳漁民而言，主要的漁穫黃花魚佔總魚量的42%左右，其他魚類主要包括馬友、倉魚、紅衫及撻沙。
1954年，黃花魚的魚獲數量為10,920擔，至1958年已急速下降至402擔。從此，大澳的漁業亦難再興盛起來，常住人口也從高峰期的30,000人減到現時約2,000人左右。
在外國競爭的影響下，鹽業的生產量亦於第二次世界大戰後大幅下降。1950至1960年代，鹽田營運商逐一停業。1969至1970年間，大澳公路的興建摧毀了鹽田的水利系統，自此大澳的鹽業亦日漸式微。
然而，這片沉睡的水域近年又開始熱鬧起來，讓繁忙的都市人可暫時遠離煩囂，享受寧靜的漁村風貌。今日，大澳縱橫交錯的優美水道，別具一格的棚屋，滿佈漁村特產的橫街窄巷，以及令人心曠神怡的自然景致，都迷倒了一眾的旅客。難怪大澳會成為一個深受本地及旅客歡迎的香港旅遊景點！