大澳渔村的历史大概可以追溯至明朝晚期。初期，蜑家渔民居住于渔船或棚屋之中，后来原籍福建的鹤佬亦迁移至此。1521年，明朝海军于附近海域抵御由葡萄牙阿尔瓦雷斯(Simão de Andrade) 率领的海军，史称“屯门海战”，当时大澳渔村曾被葡萄牙海军所占据。时至今日，大澳居民将当时的据点称为“番鬼塘”（“番鬼”为粤语，意指西洋或西洋人），一直留存至今。
到了明末清初，因朝廷政策迫使沿海居民迁往内陆，大量移民从北方涌入大澳，令大澳渔村发展得更具规模。
直至19世纪，客家移民开始于大澳聚居，并在村落的东部和南部开始农业耕种。部份居民则以饲养猪只及养蜂为生，同时兼营养鱼场。丰饶的大澳土产不仅满足了本地需求，更同时出口至香港市区。因此，大澳逐渐成为了大屿山南部和西部村落的主要市镇。
传统上，蜑家人一直处于传统中国社会的低下层，饱受不同形式的歧视，例如不得在岸上居住等。在大澳，蜑家渔民同样与陆上居民分开生活，分别在不同庙宇进行祭祀，这样的情况亦延续至20世纪。
正正因为这种生活模式，令蜑家人沿河兴建与别不同的棚屋，造就了今日大澳最引以为傲的独特象征。
经济活动方面，大澳渔村的盐业发展由18世纪中叶至晚期日趋成熟，沿坑尾溪一带亦设立了不少盐田。大部份产盐从大澳私运至澳门、香港以及珠三角地区。后来，殖民地政府积极鼓励大澳的盐业发展，并引进日晒技术以增加盐产量。然而，大澳的制盐业在1950至1960年代日渐式微，很多盐田转变为养鱼塘、农田或用于兴建房屋，甚至被弃置。
在第二次世界大战期间，香港被日本占领，许多基本物资变得十分稀缺。纵使很多大澳商店被迫关门停业，但渔民仍然可以出海捕鱼维持生计。因此，当时的大澳居民没有像香港其他地区一样面临严重的粮食短缺，走私活动亦应运而生，来自中国大陆的大米和蔬菜纷纷经由大澳运至香港，而大澳生产的盐则运至北方出售。根据年长的大澳居民忆述，在战争期间大澳的传统庙会及粤剧表演依旧进行，证明第二次世界大战期间大澳居民基本上维持了正常的生活。
食品加工生产在大澳渔村已有悠久的历史，咸鱼、虾酱、酱油和蚝油至今亦成为了当地特产。不过，由于大澳渔村的位置偏远，阻碍了业务的拓展，随着香港其他地区蓬勃的发展，大澳的产业亦渐渐失去竞争力，最终相继于市场上消失。
1970年代，大澳人口开始下降，大量居民均移居到市区工作，其中主要的原因为香港周边水域的渔量骤减，导致渔业的衰退。对于大澳渔民而言，主要的渔获黄花鱼占总鱼量的42%左右，其他鱼类主要包括马友、仓鱼、红衫及挞沙。
1954年，黄花鱼的鱼获数量为10,920担，至1958年已急速下降至402担。从此，大澳的渔业亦难再兴盛起来，常住人口也从高峰期的30,000人减到现时约2,000人左右。
在外国竞争的影响下，盐业的生产量亦于第二次世界大战后大幅下降。1950至1960年代，盐田营运商逐一停业。1969至1970年间，大澳公路的兴建摧毁了盐田的水利系统，自此大澳的盐业亦日渐式微。
然而，这片沉睡的水域近年又开始热闹起来，让繁忙的都市人可暂时远离烦嚣，享受宁静的渔村风貌。今日，大澳纵横交错的优美水道，别具一格的棚屋，满布渔村特产的横街窄巷，以及令人心旷神怡的自然景致，都迷倒了一众的旅客。难怪大澳会成为一个深受本地及旅客欢迎的香港旅游景点！